Konfiguračný súbor JWM je „~/.jwmrc“. Tu sa nastavujú aj virtuálne pracovné plochy. A to tagmi <desktops> a </desktops>. Tag <desktops> môže mať atribút „count“. Ten určuje počet virtuálnych pracovných plôch. Defaultne sú štyri, a horeuvedeným atribútom ich môžeme nastaviť na jednu až osem.
Medzi tagmi <desktops></desktops> môžu byť tagy <desktop></desktop>, ktoré nastavujú jednotlivé virtuálne pracovné plochy postupne od prvej po poslednú. Tag <desktop> môže mať atribút „name“, ktorý udáva názov pracovnej plochy. Defaultne je iba poradové číslo plochy. My si ho vieme zmeniť napr. na „Plocha 1“, a pri práci ked presúvame otvorené okno medzi plochami, pekne nám to napíše. Medzi týmito tagmi (<desktop></desktop>) môžeme uviesť tagy <Background></Background>, ktoré nastavujú pozadie jednotlivých pracovných plôch, a to atribútom „type“ a môžeme si vybrať medzi jednolivými typmi:
solid – nastavuje na pozadie farbu, ktorú zadáme vo formáte #RRGGBB.
gradient – pozadie tvoria dve farby, plynulo sa menia zhora nadol. Farby sa oddelujú dvojbodkou. (#RRGGBB:#RRGGBB)
image – nastavuje na pozadie obrázok. Ten je vo formáte PNG.
tile – nastavuje na pozadie obrázok ako dlaždice.
command – vždy ked prejdeme na uvedenú pracovnú plochu, vykoná sa uvedený príkaz.
Príklad konfigurácie 1.)
<Desktops count=“2″>
<Background type=“image“>~/wallpaper.png</Background>
<Desktops>
Príklad konfigurácie 2.)
<Desktops count=“4″>
<Desktop name=“Plocha 1″>
<Background type=“image“>$HOME/wallpaper.png&</Background>
</Desktop>
<Desktop name=“Plocha 2″>
<Background type=“solid“>#0000FF</Background>
</Desktop>
<Desktop name=“Plocha 3″>
<Background type=“gradient“>#00FF00:#FF0000</Background>
</Desktop>
<Desktop name=“Plocha 4″>
<Background type=“command“>xterm</Background>
</Desktop>
</Desktops>